Die Hauptstrecke Leipzig – Erfurt zerschneidet Markranstädt quasi in zwei Stadtteile. Wohl mancher erinnert sich noch an die lange Schließzeiten der Schrankenanlage der B176 in Markranstädt, 20 Minuten Wartezeit und länger waren keine Seltenheit, viele male am Tag. Auch heute noch senken sich hier die Schranken für die ICE Hamburg – Berlin – Leipzig – München und Dresden – Leipzig – Frankfurt, für die RB Leipzig – Weißenfels (teilweise mit 612) und für zahlreiche Güterzüge verschiedener Eisenbahnunternehmen zwischen Großkorbetha und den Leipziger Güterring. In Markranstädt halten ausschließlich die RB Leipzig - Weißenfels - Leipzig. Der planmäßige Verkehr (u. a. Durchfahrt mit ICE) erfolgt über Gleis 2 und 3 als durchgehende Hauptgleise direkt am Bahnsteig, Gleis 4 ist ein mit Fahrleitung überspanntes Überholungsgleis, Gleis 5 ist ohne Fahrleitung. Das Gleis 1 am Hausbahnsteig ist nicht mehr vorhanden. Als 2002 die Fahrleitung erneuert wurde, wurden aus dem Gleis 1 kurze Gleisstücke herausgetrennt und dort die Fahrleitungsmasten gesetzt. Erst im April 2005 wurden die Gleisfragmente nunmehr entfernt. Der Bahnhof natürlich unbesetzt, Fahrkarten am Automat, beschränkt auf das MDV-(Mitteldeutscher Verkehrsverbund)-Gebiet. Hilight ist der Tunnel für den Bahnsteigzugang.

Typisch für Markranstädt die engen Gleisbögen an der Westausfahrt in Richtung Großkorbetha.

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